준공 완료시점에서의 합의는 대부분의 경우 시간적인 지연이 예상됩니다.
만약 합의금 등 배상금액을 받으실 경우 귀하의 건물 시세에 대한 정보와 일조권 등의 환경권 침해에 따른 재산가치하락에 대한 분석이 필요합니다. 따라서 현재 귀하가 언급하신 내용만으로는 대략적인 합의금의 폭을 예측하기 힘듭니다. 
건축허가가 난 상황에서 시공이 진행되고 있다면, 소송에 의한 공사중지가처분신청 이외에는 설계 및 구조 변경을 유도하기 힘듭니다. 만약 공사중지가처분신청을 하시기 위해서는 지금 상황이 공사중지가처분신청을 할 수 있는 조건이 되는지를 세밀히 검토하여 그 다음 절차를 진행하셔야 합니다.

귀하께서 언급하신 내용은 일조권이외의 여러가지 복합적인 문제가 엮여 있습니다.
따라서 인근 법률사무소에서 구체적인 자문을 받으시는 것이 더 빠를 수 있을 것으로 보여집니다. 

추가적인 내용은 전화상으로 답변드렸습니다.